藥局除藥品調劑免營業稅外，其他藥品貨物之銷售均應課稅
藥局如經稽徵機關核定使用統一發票者，銷售非處方箋之用藥，應開立統一發票報繳營業稅，以免構成違章遭受處罰。
財政部臺灣省南區國稅局表示，購買一般藥品或依健保特約醫院及診所就醫之醫師處方箋向健保特約藥局購藥，雖同樣是向藥局購藥，但營業稅之課稅情形卻有所不同。
該局進一步說明，依照加值型及非加值型營業稅法及財政部解釋函規定，健保特約藥局供應處方箋用藥，非屬營業稅課稅範圍，民眾持該處方箋向藥局購藥，藥局毋須開立統一發票報繳營業稅；但若民眾向藥局購買藥品，該藥品為一般成藥或非持處方箋購買時，且該藥局為經稽徵機關核定應使用統一發票者，該藥局必須依規定開立統一發票報繳營業稅，否則經人檢舉或經稽徵機關查獲將遭受處罰，嚴重者甚至停止其營業。
該局補充說明，民眾持憑由健保特約醫院及診所醫師開立之處方箋，自行前往健保特約藥局購藥者，藥局毋須開立統一發票報繳營業稅，惟須就向健保局請領之藥品調劑費及藥品費等收入，列入主持藥師、藥劑生之執行業務所得，依法課徵綜合所得稅。
財政部臺灣省南區國稅局表示，購買一般藥品或依健保特約醫院及診所就醫之醫師處方箋向健保特約藥局購藥，雖同樣是向藥局購藥，但營業稅之課稅情形卻有所不同。
該局進一步說明，依照加值型及非加值型營業稅法及財政部解釋函規定，健保特約藥局供應處方箋用藥，非屬營業稅課稅範圍，民眾持該處方箋向藥局購藥，藥局毋須開立統一發票報繳營業稅；但若民眾向藥局購買藥品，該藥品為一般成藥或非持處方箋購買時，且該藥局為經稽徵機關核定應使用統一發票者，該藥局必須依規定開立統一發票報繳營業稅，否則經人檢舉或經稽徵機關查獲將遭受處罰，嚴重者甚至停止其營業。
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